
Bydgoszcz Akademia – przystanek kolejowy w Bydgoszczy w dzielnicy Fordon przy ulicy Fordońskiej i Szlakowej, w pobliżu kompleksu Uniwersytetu Technologiczno-Przyrodniczego. Nazwa przystanku nawiązuje do starej nazwy uczelni. W dniu 1 maja 2004 roku został zamknięty dla pociągów osobowych. W dniu 13 listopada 2008 roku został przywrócony ruch pasażerski na tym przystanku.

Bydgoszcz Bielawy – przystanek kolejowy położony w Bydgoszczy, w województwie kujawsko-pomorskim, w Polsce.
Bydgoszcz Błonie – przystanek kolejowy w Bydgoszczy, w województwie kujawsko-pomorskim, w Polsce. Znajduje się on na pograniczu dzielnic Błonie oraz Miedzyń, z dojazdem od ulicy Madalińskiego. Na przystanku od 12 czerwca 2016 zatrzymują się pociągi osobowe relacji Bydgoszcz – Inowrocław oraz Bydgoszcz – Poznań.

Bydgoszcz Brdyujście – przystanek kolejowy w Bydgoszczy, położony na osiedlu Brdyujście, przy skrzyżowaniu ulic Fordońskiej i Jasinieckiej.

Bydgoszcz Emilianowo – nieczynna dla ruchu pasażerskiego stacja kolejowa położona w granicach miasta Bydgoszcz. Jest to stacja towarowa pełniąca ważną rolę w ruchu masowym i logistycznym. W ramach rewitalizacji linii kolejowej stacja przejdzie modernizację połączoną z likwidacją peronów. Przy stacji planowane jest utworzenie terminala logistycznego.

Bydgoszcz Fordon – kolejowy przystanek osobowy i bocznica szlakowa w Bydgoszczy, w dzielnicy Fordon w województwie kujawsko-pomorskim, w Polsce. Na początku kwietnia 2000 roku został zamknięty dla pociągów osobowych. W dniu 13 listopada 2008 roku został przywrócony ruch pasażerski na tym przystanku.
Bydgoszcz Główna – jeden z największych dworców kolejowych w Polsce oraz największy w województwie kujawsko-pomorskim. Według klasyfikacji PKP ma najwyższą kategorię Premium.
Bydgoszcz Leśna – przystanek kolejowy i posterunek odgałęźny położony w Bydgoszczy, w województwie kujawsko-pomorskim, w Polsce. Mieści się na Osiedlu Leśnym przy ul. Modrzewiowej. Na przystanku zatrzymują się wszystkie pociągi osobowe, Polregio i TLK. W roku 2018 przystanek obsługiwał 700–1000 pasażerów na dobę.

Bydgoszcz Łęgnowo – przystanek kolejowy i posterunek odgałęźny położony nad Brdą w dzielnicy Łęgnowo. Na stacji zatrzymuje się większość pociągów osobowe do Torunia, Włocławka i Olsztyna.

Bydgoszcz Osowa Góra – przystanek kolejowy na Osowej Górze w Bydgoszczy, województwie kujawsko-pomorskim. Znajduje się na linii kolejowej nr 18. Ostatnia stacja na terenie Bydgoszczy przed wyjazdem z miasta na zachód w kierunku Piły.

Rynkowo – dawny przystanek kolejowy położony w granicach miasta Bydgoszcz, ok. 5,5 km na północ od jego centrum. Przestał istnieć pod koniec 2015 roku. Latem 2016 przeprowadzono z kolei remont kładki dla pieszych, znajdującej się nad torami zlikwidowanego przystanku..
Rynkowo Wiadukt – przystanek kolejowy, położony w granicach miasta Bydgoszcz, ok. 3,5 km na północ od centrum.

Bydgoszcz Wschód – stacja kolejowa w Bydgoszczy, w województwie kujawsko-pomorskim, w Polsce. Zatrzymują się tu wszystkie pociągi osobowe i TLK/IC.

Bydgoszcz Zachód – przystanek kolejowy w Bydgoszczy, w województwie kujawsko-pomorskim, w Polsce.

Bydgoszcz Żółwin – dawny dla ruchu pasażerskiego przystanek osobowy w Bydgoszczy. Był położony między osiedlami Kapuściska i Łęgnowo. Otwarty w 1942 jako przystanek służbowy obsługiwał 3 pary pociągów do Nowej Wsi Wielkiej w celu dowozu pracowników do zakładów chemicznych Zachem, przez ostatnie lata nieczynny, zlikwidowany w ramach rewitalizacji linii kolejowej nr 201