
All Nippon Airways – japońskie linie lotnicze z siedzibą w Tokio i zarazem największe linie lotnicze w Japonii, obsługujące połączenia z Azją, Europą, Ameryką Północną i Oceanią z głównym węzłem w porcie lotniczym Tokio-Narita.

Fuji Dream Airlines Co., Ltd. (FDA) to japońskie krajowe linie lotnicze z siedzibą w Makinoharze w prefekturze Shizuoka i głównym węźle w Porcie lotniczym Shizuoka. Z tego też miasta linie te zaczęły swoją działalność 23 lipica 2009 roku.
Galaxy Airlines - japońska linia lotnicza cargo z siedzibą w Ōta.
Hokkaido International Airlines – japońska tania linia lotnicza z siedzibą w Sapporo, na wyspie Hokkaido. Obsługuje połączenia pomiędzy Tokio i miastami Hokkaido. Głównym hubem jest Tokio-Haneda.

Ibex Airlines – japońska linia lotnicza z siedzibą w Kōtō (Tokio). Obsługuje połączenia krajowe z Tokio. Głównym węzłem jest Port lotniczy Sendai.

Japan Air Commuter - japońska linia lotnicza z siedzibą w Kagoshima, na wyspie Kiusiu. Główną bazą jest Port lotniczy Kagoshima.

Japan Asia Airways - japońska linia lotnicza z siedzibą w Tokio. Należała od linii lotniczych Japan Airlines.

Japan Transocean Air – japońska linia lotnicza z siedzibą w Naha na Okinawie. Należy od linii lotniczych Japan Airlines. Obsługuje połączenia krajowe. Głównym węzłem jest Port lotniczy Naha.

Nippon Cargo Airlines – japońskie linie lotnicze cargo z siedzibą w Tokio, oferujące loty do krajów azjatyckich, a także połączenia z Europą i Ameryką Północną. Głównym węzłem jest port lotniczy Narita.

Skymark Airlines – japońska linia lotnicza z siedzibą w Tokio. Obsługuje połączenia krajowe oraz jedno międzynarodowe do Seulu. Głównym hubem jest Port lotniczy Tokio-Haneda.

Solaseed Air – japońska tania linia lotnicza z siedzibą w Miyazaki, na wyspie Kiusiu. Obsługuje połączenia pomiędzy miastami Kiusiu a Tokio.

StarFlyer – mała japońska linia lotnicza z siedzibą w Kitakyūshū. Obsługuje połączenia krajowe. Głównym węzłem jest nowy port lotniczy Kitakyūshū.