WCracovia – najdłużej istniejący polski klub sportowy założony 13 czerwca 1906. W 1998 roku powstał także w ramach spółki KS Cracovia i Gminy Kraków – Miejski Klub Sportowy Cracovia Sportowa Spółka Akcyjna, w ramach którego działa m.in. sekcja piłki nożnej mężczyzn. Współzałożyciel Związku Polskiego Piłki Nożnej (1911) i Polskiego Związku Piłki Nożnej (1919). Pięciokrotny Mistrz Polski, zdobywca Pucharu Polski 2020. W tym samym roku Cracovia triumfowała również w Superpucharze Polski. We wrześniu 2005 w rankingu miesięcznika „Forbes” na najbardziej wartościowy finansowo polski klub MKS Cracovia SSA zajęła pierwsze miejsce – wartość klubu została wyceniona na 90 mln złotych czyli półtora raza więcej niż zdobywcy drugiego miejsca. W sezonie 2020/21 występują w Ekstraklasie.
WGarbarnia Kraków – polski klub piłkarski z siedzibą w Krakowie. Klub został założony w 1921 roku przez grupę pracowników Polskich Zakładów Garbarskich Sp. z o.o. Obecnie działa w formie stowarzyszenia kultury fizycznej. Początkowo Garbarnia była klubem wielosekcyjnym. Aktualnie funkcjonuje jedynie sekcja piłki nożnej mężczyzn, której seniorzy występują w rozgrywkach II ligi.
WHutnik Kraków, Hutnik Nowa Huta, Stowarzyszenie Nowy Hutnik 2010 – polski wielosekcyjny klub sportowy, założony 21 marca 1950 roku w Krakowie, w Nowej Hucie.
WRzemieślniczy Klub Sportowy Juvenia Kraków – klub sportowy w Krakowie, założony w 1906 roku. Obecnie posiada sekcje rugby union kobiet i mężczyzn.
WKorona Kraków – wielosekcyjny klub sportowy założony w 1919 roku w Krakowie. W latach 1951–1971 połączony z innym krakowskim klubem – Garbarnią, nosił wówczas nazwę Włókniarz.
WŻKS Makkabi Kraków – nieistniejący obecnie żydowski klub piłkarski z Krakowa, założony w roku 1909 i działający w okresie międzywojennym, do roku 1939.
WKlub Sportowy Nadwiślan Kraków – klub sportowy z siedzibą w Krakowie.
WPodgórze Kraków – klub sportowy z Podgórza. Powstał w 1913 roku i jest jednym z najstarszych klubów dzielnicowych w Polsce. W „Tabeli wszech czasów Ligi polskiej lata 1927-2015” Przeglądu Sportowego zajmuje 69 miejsce. Żeńska drużyna piłki nożnej występuje obecnie w III lidze, męska w klasie A.
WProkocim Kraków, obecnie Kolejowy Klub Sportowy Prokocim – Krakowski klub piłkarski z siedzibą w dzielnicy Prokocim, ze stadionem w parku im. Jerzmanowskich.
WWKS „Wawel” Kraków – polski wielosekcyjny klub sportowy. Założony w 1919 roku pod nazwą Wawel. W roku 1928 po połączeniu z Wojskowym Klubem Sportowym przyjął nazwę Wojskowy KS Wawel. W latach 1945-1949 działał jako cywilno-wojskowy KS Wawel, następnie Okręgowy Wojskowy KS Wawel (1949-1953) i Centralny Wojskowy KS Wawel (1953-1957). Obecna nazwa od 1957 roku, mimo iż od 1 stycznia 2002 roku WKS „Wawel” nie jest już klubem wojskowym, pozostał przy tradycyjnej nazwie.
WWisła Kraków Spółka Akcyjna – polski klub piłkarski z siedzibą w Krakowie. Spadkobierca tradycji piłkarskich wielosekcyjnego TS Wisła Kraków, z którego w grudniu 1997 wydzielono sekcję piłki nożnej mężczyzn tworząc sportową spółkę akcyjną (SSA), która w 2007 przekształciła się w spółkę akcyjną. W swojej historii Wisła wywalczyła 13 tytułów mistrza Polski, 13 tytułów wicemistrza Polski, 4 Puchary Polski, 1 Puchar Ligi Polskiej oraz 1 Superpuchar Polski.