
Muzeum Towarzystwa Jezusowego Prowincji Polski Południowej w Starej Wsi założone przez jezuitów muzeum głównie sztuki sakralnej.

Muzeum Misyjne OO. Werbistów w Chludowie – muzeum z siedzibą we wsi Chludowo. Placówka jest prowadzona przez księży werbistów, a jego siedzibą są pomieszczenia chludowskiego Domu Misyjnego św. Stanisława Kostki.

Salezjańskie Muzeum w Czerwińsku nad Wisłą – muzeum z siedzibą w Czerwińsku nad Wisłą. Placówka jest prowadzona przez księży salezjanów, a jego siedzibą są pomieszczenia pochodzącego z XII wieku klasztoru kanoników regularnych, którym salezjanie zarządzają od 1923 roku.

Muzeum Brata Alberta Chmielowskiego – działająca od 1963 mała placówka muzealna zlokalizowana w Krakowie przy ul. Krakowskiej 43 urządzona jako jego izba pamięci. Budynek to dawne Schronisko Braci Albertynów, wcześniej Ogrzewalnia Magistracka. Obecnie budynek jest Domem Generalnym Zakonu z siedzibą władz Zgromadzenia Braci Albertynów.

Muzeum Historyczno-Misyjne Zgromadzenia Księży Misjonarzy – muzeum istniejące od lat 30. XX wieku w Krakowie w tzw. Domu Stradomskim przy ul. Stradomskiej 4. Muzeum udostępnia eksponaty z terenów misyjnych, głównie z Chin, w celu przybliżenia zwiedzającym kultury i religii tego kraju. W muzeum eksponowane są również zabytki z domu misjonarskiego Zgromadzenia Księży Misjonarzy św. Wincentego a Paulo.

Muzeum i Archiwum Marii Angeli Truszkowskiej – Błogosławionej Założycielki Sióstr Felicjanek – jedno z krakowskich muzeów kościelnych, zlokalizowane w zabytkowej kamienicy, budynku, będącym domem zakonnym Zgromadzenia Sióstr Felicjanek, a znajdującym się przy ul. Mikołajskiej 18, na rogu z ul. św. Krzyża 8.

Muzeum Misyjne OO. Franciszkanów w katowickiej dzielnicy Panewniki umiejscowione przy klasztorze OO. Franciszkanów gromadzące dokumentację, fotografie oraz eksponaty z misji zagranicznych górnośląskiej prowincji zakonu.

Muzeum Ojców Karmelitów w Krakowie na Piasku – jedno z krakowskich muzeów kościelnych.
Muzeum Misyjno-Ornitologiczne w Kodniu – muzeum z siedzibą w Kodniu. Placówka jest prowadzona przez Zgromadzenie Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej przy kodeńskiej bazylice św. Anny. Jego siedzibą są dwie sale przy furcie klasztornej w budynku klasztoru, położonego za bazyliką.

Muzeum Misyjne Sióstr Misjonarek św. Piotra Klawera w Krośnie – muzeum położone w Krośnie. Placówka mieści się w domu zakonnym Zgromadzenia Sióstr Misjonarek św. Piotra Klawera.

Muzeum Prowincji Ojców Bernardynów w Leżajsku – muzeum z siedzibą w Leżajsku. Placówka jest prowadzona przez ojców Bernardynów, a jego siedzibą są pomieszczenia leżajskiego zespołu Kościoła i Klasztoru Bernardynów.

Muzeum im. ks. Józefa Jarzębowskiego w Licheniu Starym – mariańskie muzeum znajdujące się na terenie sanktuarium Matki Bożej Bolesnej Królowej Polski we wsi Licheń Stary w absydzie bazyliki, na powierzchni prawie 1000 m2. Wejście do niego znajduje się od strony północnej.

Muzeum Misyjne Sióstr Michalitek w Miejscu Piastowym – muzeum położone we wsi Miejsce Piastowe. Placówka mieści się w Domu Generalnym Sióstr Michalitek przy Sanktuarium św. Michała Archanioła i bł. Bronisława Markiewicza.
Muzeum Misyjne Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej w Obrze – muzeum z siedzibą we wsi Obra. Placówka jest prowadzona przez Zgromadzenie Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej, a jego siedzibą są pomieszczenia Wyższego Seminarium Duchownego Zgromadzenia, funkcjonującego w obrzańskim pocysterskim opactwie.

Muzeum Misyjno-Etnograficzne Księży Werbistów w Pieniężnie – muzeum z siedzibą w Pieniężnie. Placówka jest prowadzona przez księży werbistów, a jego siedzibą są pomieszczenia seminarium zgromadzenia.

Etnograficzne Muzeum Misyjne w Polanicy-Zdroju – muzeum położone w Sokołówce koło Polanicy-Zdroju. Placówka mieści się w klasztorze ojców sercanów białych i jest prowadzone przez Zgromadzenie Misyjne Christus Rex.
Muzeum Klasztorne oo. Cystersów w Szczyrzycu – placówka muzealna, założona w 1954 przez ojców Cystersów, wchodząca w skład zespołu klasztornego Cystersów w Szczyrzycu.

Muzeum Misyjne Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej na Świętym Krzyżu – muzeum, znajdujące się na terenie zespołu klasztornego sanktuarium na Świętym Krzyżu, administracyjnie położone na terenie miasta Nowa Słupia. Placówka jest prowadzona przez Zgromadzenie Misjonarzy Oblatów Maryi Niepokalanej.

Muzeum Opactwa w Tyńcu – jedno z krakowskich muzeów przyklasztornych. Zlokalizowane jest w Opactwie Benedyktynów w Tyńcu. Znajduje się w podziemiach i na parterze budynku dawnej biblioteki. Prezentowane w nim są głównie zabytki związane z przeszłością klasztoru - wśród nich obiekty archeologiczne, romańskie detale architektoniczne, rękopisy i druki, przedmioty liturgiczne. Muzeum łączy tradycyjną formę ekspozycji muzealnej z nowoczesnymi formami multimedialnymi.

Muzea redemptorystów w Tuchowie – trzy placówki muzealne z siedzibą w Tuchowie. Wszystkie prowadzone są ojców redemptorystów, a ich siedzibą są pomieszczenia klasztoru, położonego w sąsiedztwie bazyliki Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny przy ul. Wysokiej. Aktualnie w klasztorze funkcjonują:Muzeum Misyjne, Muzeum Sanktuaryjne, Muzeum Etnograficzne.

Muzeum Warszawskiej Prowincji Kapucynów w Zakroczymiu – muzeum z siedzibą w Zakroczymiu. Placówka jest prowadzona przez Zakon Braci Mniejszych Kapucynów, a jego siedzibą są pomieszczenia Centrum Duchowości „Honoratianum”.

Muzeum Dziejów Zgromadzenia Księży Orionistów w Polsce – muzeum z siedzibą w Zduńskiej Woli. Placówka jest prowadzona przez księży Orionistów, a jego siedzibą jest Dom Misyjny Zgromadzenia Małego Dzieła Boskiej Opatrzności w Zduńskiej Woli przy ul. Łaskiej 88.