WBiblioteka Europejskiego Centrum Solidarności – działa na terenie Gdańska w ramach instytucji kultury Europejskie Centrum Solidarności.
WBiblioteka Gdańska PAN – biblioteka w Gdańsku. Mieści się w zabytkowym gmachu zbudowanym w latach 1902-1904 przy ul. Wałowej na gdańskim Starym Mieście.
WBiblioteka Główna Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego – biblioteka uczelniana posiadająca największy w województwie pomorskim księgozbiór z zakresu medycyny, farmacji, stomatologii, pielęgniarstwa, ochrony zdrowia oraz nauk pokrewnych. Biblioteka Główna wraz z Biblioteką Wydziału Farmaceutycznego oraz bibliotekami instytutów, klinik i zakładów tworzy system biblioteczno-informacyjny Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego.
WBiblioteka Główna Uniwersytetu Gdańskiego (BGUG) – została utworzona z bibliotek jednostek, na bazie których powstał Uniwersytet Gdański - Biblioteki Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku oraz Biblioteki Wyższej Szkoły Ekonomicznej w Sopocie. Swoją działalność rozpoczęła 1 lipca 1970.
WBiblioteka Politechniki Gdańskiej (BPG) – jest największą i najstarszą w Północnej Polsce naukową biblioteką techniczną. Gromadzi, udostępnia i pośredniczy w dostępie do źródeł informacji z zakresu nauk reprezentowanych na poszczególnych Wydziałach Politechniki Gdańskiej.
WInstytut Budownictwa Wodnego PAN – instytut naukowy Polskiej Akademii Nauk, założony w 1953 roku w Gdańsku. Jego misją jest zastosowanie metod technicznych badań podstawowych i rozwój technologii gospodarczego korzystania z wód.
WGdańskie Towarzystwo Naukowe – założone w roku 1922 jako Towarzystwo Przyjaciół Nauki i Sztuki w Gdańsku z inicjatywy Polonii Gdańskiej i działało do roku 1939. Po wojnie reaktywowane w roku 1945, a pod obecną nazwą działa od roku 1956. Obecnie ma 5 wydziałów i wydaje m.in. Rocznik Gdański, Gdańskie Studia Językoznawcze, Acta Biologica et Medica, Pomorskie Monografie Toponomastyczne, Peribalticum. Obecnie prezesem jest Jerzy Błażejowski.
WFundacja Instytut Badań nad Gospodarką Rynkową (IBnGR) – założony w 1989 niezależny pozarządowy ośrodek analityczno-badawczy, działający na zasadzie think thanku obywatelskiego. Inicjatorami powołania Instytutu byli Jan Szomburg i Janusz Lewandowski. Przedmiotem zainteresowania Instytutu są sprawy gospodarcze oraz polityka państwa.
WInstytut Bałtycki – instytut naukowo-badawczy w Gdańsku o statusie stowarzyszenia, zajmujący się zagadnieniami wybrzeża krajów nadbałtyckich i gospodarką morską, stosunkami polsko-niemieckimi i polsko-skandynawskimi.
WInstytut Energetyki – instytut badawczy związany z energetyką, znajdujący się w Warszawie.
WInstytut Kaszubski – instytucja naukowa o profilu humanistycznym i regionalnym – kaszubsko-pomorskim, i charakterze badawczo-popularyzatorskim, istniejąca od 1996 r. w Gdańsku. Skupia ponad 100 osób ze środowiska naukowego, głównie z Pomorza, organizuje i koordynuje badania, integruje środowisko, promuje zagadnienia pomorskie, prowadzi m.in. działalność wydawniczą i gospodarczą. Jej prezesem od początku jest prof. Józef Borzyszkowski, a sekretarzem prof. Cezary Obracht-Prondzyński.
WInstytut Maszyn Przepływowych im. Roberta Szewalskiego – instytut naukowy Polskiej Akademii Nauk z siedzibą w Gdańsku. Został założony w 1956 roku.
WInstytut Morski w Gdańsku – jednostka naukowo-badawcza resortu. Placówka wykonuje prace naukowe, badawcze i wdrożeniowe: m.in. zajmuje się modernizacją i eksploatacją portów, oceanografią operacyjną, czy problematyką zagospodarowania regionu nadmorskiego. Misją Instytutu jest dbałość o zachowanie wartości morza i zrównoważony rozwój polskiej gospodarki morskiej. Instytut opracowuje studia wykonalności i eksperyzy oraz udziela konsultacji w zakresie: hydrotechniki morskiej, geotechniki, oceanografii operacyjnej, ochrony środowiska, transportu, logistyki, zagospodarowania przestrzennego regionu nadmorskiego, modernizacji i eksploatacji portów, żeglugi śródlądowej, turystyki, bezpieczeństwa przeciwpowodziowego, elektroniki morskiej, a także tworzenia baz danych i monitoringu zjawisk ciągłych. W ramach instytutu funkcjonują nowoczesne, dobrze wyposażone laboratoria. Jednostka posiada nowoczesny statek naukowo-badawczy RV IMOR - typu katamaran, który stanowi pływające, specjalistyczne laboratorium morskie, przeznaczone do wykonywania kompleksowych usług badawczych w płytkowodnej strefie przybrzeżnej w oparciu o najnowocześniejsze technologie badawcze..
WStacja Ornitologiczna Muzeum i Instytutu Zoologii PAN w Gdańsku – placówka naukowa zajmującą się badaniami biologii ptaków. Pełni również funkcję jedynej w Polsce krajowej centrali obrączkowania ptaków.
WTowarzystwo Przyrodnicze w Gdańsku – jedno z najstarszych towarzystw naukowych na ziemiach polskich.