WAbruka – niewielka wyspa należąca do Estonii położona na morzu Bałtyckim, 12 kilometrów na południe od Kuressaare. Ma powierzchnię 8,78 km2 i liczy około 40 mieszkańców, zamieszkałych m.in. we wsi Abruka. Wyspa jest stale zamieszkana od XVIII wieku. Na wyspie znajduje się rezerwat przyrody Abruka looduskaitseala o powierzchni 92 ha. W pobliżu znajdują się niezamieszkane wyspy Vahase, Kassilaid i Linnusitamaa. Na miejscowym cmentarzu znajduje się krzyż upamiętniający katastrofę promu Estonia. Na przylądku Limbi wznosi się wysoka na 36 metrów latarnia morska wybudowana w 1931 r.
WAegna – estońska wyspa. Leży na Morzu Bałtyckim, w odległości 14 km na północ od Tallinna i 1,5 km od Rohuneeme na półwyspie Viimsi. Administracyjnie należy do Tallinna, stanowiąc jedną z 21 poddzielnic dzielnicy Kesklinn. Wyspa jest zamieszkała, na stałe przebywa na niej 6 osób.
WAhelaid - wyspa w zachodniej Estonii. Wyspa nie jest zamieszkana, ma powierzchnię 17 hektarów i leży na Morzu Bałtyckim na południowy wschód od wyspy Hiuma.
WAherahu - wyspa w zachodniej Estonii na północ od wyspy Ahelaid. Leży na Morzu Bałtyckim.
WAhtra – wyspa na Morzu Bałtyckim, w Zatoce Ryskiej, u zachodnich wybrzeży Estonii, należąca do tego państwa. Sąsiaduje z wysepką Viina. Administracyjnie znajduje się w prowincji Parnawa, w gminie Tõstamaa.
WAksi - mała, niezamieszkana wyspa w Zatoce Fińskiej należąca do Estonii. Razem z pobliskimi wyspami Prangli, Keri i trochę dalszą Naissaar należy do gminy Viimsi w prowincji Harjumaa. Powierzchnia wyspy wynosi 60 ha. Powierzchnia wyspy jest piaszczysta, z roślin występują jałowiec i brzoza.
WAlarahu – estońska wysepka na Morzu Bałtyckim, w zatoce Lõpe, będącej częścią cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju. Na południowy wschód od wyspy położona jest Endurahu, na południe Ülerahu, na południowy zachód Tauksi, na zachód Koharahu, Suurrahu i Liialaid.
WAllirahu – wyspa na Morzu Bałtyckim, u zachodnich wybrzeży Estonii. Na wyspie oraz otaczających ją wodach utworzono w 2005 roku rezerwat przyrody Allirahu looduskaitseala.
WAnkrurahu - niewielka wyspa w Estonii pomiędzy wyspami Hanerahu i Ahelaid. Leży na Morzu Bałtyckim i ma powierzchnię 0,3 ha. Jej najwyższy punkt sięga zaledwie 2 m n.p.m.
WArchipelag Zachodnioestoński – wyspy w zachodniej Estonii na Bałtyku. W archipelagu znajdują się cztery największe wyspy Estonii: Sarema, Hiuma, Muhu i Vormsi oraz ok. 500 drobniejszych wysp. Powierzchnia archipelagu to ok. 4000 km².
WElmrahu – estońska wyspa. Leży na Morzu Bałtyckim u północno-zachodnich wybrzeży wyspy Hiuma. Położona jest na zachód od Külalaid. Wysepka razem z sąsiadującymi z nią wysepkami Ninalaid oraz Külalaid leży na terytorium założonego w 2006 roku rezerwatu Paope looduskaitseala.
WEsirahu – estońska wyspa na Morzu Bałtyckim, na obszarze cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju, na południe od wyspy Tagarahu. Zajmuje powierzchnię 2,044 ha. Obwód wyspy wynosi 565 m. Administracyjnie znajduje się w prowincji Läänemaa, w gminie Ridala. W całości stanowi obszar chroniony.
WHanerahu - wyspa na Morzu Bałtyckim, u zachodnich wybrzeży Estonii.
WHara – wyspa w północnej Estonii, w Zatoce Fińskiej. Leży na Morzu Bałtyckim i ma powierzchnię 0,11 km². Jej najwyższy punkt to 12 m n.p.m. W okresie II wojny światowej mieściła się tu radziecka baza.
WHeinlaid to 162-hektarowa bezludna, wapienna wyspa przy wybrzeżu hiiumaa w Estonii, 5 km od miasta Heltermaa.
WHobulaid – wyspa na Morzu Bałtyckim, u zachodnich wybrzeży Estonii, należąca do tego państwa. Sąsiaduje z wyspą Vormsi. Jej powierzchni obejmuje około 75 ha lądu, a długość linii brzegowej wynosi 6,7 km. Najwyżej położony punkt wyspy wznosi się na wysokość 6,6m. Wyspa ma kształt podłużny o maksymalnej długości około 2,5 km i rozciąga się w kierunku południkowym. Na wyspie znajdują się dwie automatyczne latarnie morskie, które razem z położoną na wysepce Rukkirahu latarnią morską, wskazują szlak z Rohuküla do Sviby na Vormsi.
WHõralaid – niezamieszkana wyspa w Estonii leżąca na Morzu Bałtyckim, o powierzchni około 20 hektarów. W jej pobliżu znajduje się wyspa Vohilaid. Administracyjnie, Hõralaid należy do gminy Pühalepa wchodzącej w skład prowincji Hiiumaa.
WHülgerahu – wyspa w Estonii położona na wschód od wyspy Kõverlaid. Leży na Morzu Bałtyckim i ma powierzchnię 0,15 ha.
WKadakalaid – estońska wyspa. Leży na Morzu Bałtyckim u północno-wschodnich wybrzeży wyspy Hiuma na cieśninie Hari Kurk, oddzielającej Hiumę od wyspy Vormsi. Ma powierzchnię około 10 ha lub według innych źródeł 23 ha. Ma kształt gruszki, znajduje się na niej wzniesienie o wysokości 5.8 m, rosną na niej jałowce. Wysepka sąsiaduje z wyspą Uuemererahu.
WKajakarahu – wyspa w Estonii na północny wschód od wyspy Ahelaid. Leży na Morzu Bałtyckim.
WKassari – piąta co do wielkości wyspa Estonii. Ma powierzchnię 19,3 km² i zamieszkuje ją około 280 mieszkańców. Na wyspie znajdują się cztery osady: Esiküla, Taguküla, Kassari i Orjaku. Kassari jest połączona dwoma mostami z wyspą Hiuma. Wody oblewające Kassari należą do najcieplejszych w kraju. Dominującą formacją roślinną na wyspie są łąki. Niewielką powierzchnię zajmują rzadkie lasy iglaste z domieszką jałowca.
WKasselaid – wyspa w zachodniej części Estonii. Znajduje się na zachód od wyspy Sarema. Cała wyspa objęta jest ochroną i należy do rezerwatu Abruka looduskaitseala.
WKeri – wyspa położona przy północnym wybrzeżu Estonii w Zatoce Fińskiej. Razem z wyspami Äksi i Prangli tworzy mały archipelag należący do gminy Viimsi w prowincji Harjumaa. Jest to wysunięta najbardziej na północ estońska wyspa. Jej powierzchnia wynosi 3,1 ha. Wyspa nie ma stałych mieszkańców. Na wyspie znajduje się latarnia morska wybudowana w 1803 roku. 25 listopada 1997 roku latarnię wpisano na listę narodowych zabytków Estonii pod numerem 9500.
WKihnu – niewielka wyspa w Zatoce Ryskiej należąca do Estonii.
WKoharahu – niewielka wyspa estońska na Morzu Bałtyckim, na obszarze cieśniny Väinameri, u wejścia do zatoki Lõpe, u zachodnich wybrzeży kraju. Na zachód od wyspy położona jest Liialaid, na południowym zachodzie Suurrahu, na wschodzie Tauksi.
WKõrgelaid – wyspa na Morzu Bałtyckim, u zachodnich wybrzeży Estonii.
WKõverlaid – wyspa w Estonii na zachód od wyspy Hülgerahu. Leży na Morzu Bałtyckim.
WKräsuli – mała estońska wyspa położona pomiędzy półwyspem Viimsi a wyspą Aegna. Administracyjnie należy do gminy Viimsi w Prowincji Harju.
WKülalaid – estońska wyspa. Leży na Morzu Bałtyckim u północno-zachodnich wybrzeży wyspy Hiuma. Wysepka razem z sąsiadującymi z nią wysepkami Elmrahu oraz Ninalaid leży na terytorium założonego w 2006 roku rezerwatu Paope looduskaitseala.
WLiialaid – estońska wysepka na Morzu Bałtyckim, na obszarze cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju. Na zachód od wyspy położona jest Hanemaa, na wschód Koharahu i Suurrahu, a na północ Sõmeri. Ma wydłużony kształt, rozciągający się od północnego zachodu w kierunku południowego wschodu.
WLuigerahu – wyspa w zachodniej Estonii na wschód od wyspy Ahelaid. Leży na Morzu Bałtyckim i ma powierzchnię 0,02 km².
WManilaid (Manija) – estońska wyspa o powierzchni 1,9 km², położona w gminie Tõstamaa w prowincji Pärnu, około kilometr od stałego lądu. Zamieszkuje ją ok. 40 mieszkańców.
WMuhu – wyspa na Morzu Bałtyckim należąca do Estonii, o powierzchni 206 km², wchodząca w skład Archipelagu Zachodnioestońskiego. Razem z wysepkami Kesselaid, Viirelaid i Suurelaid tworzy gminę Muhu. Trzecia pod względem wielkości wyspa Estonii, zaraz po Saremie i Hiumie. Od kontynentu oddzielona cieśniną Muhu Väin. Z Saremą połączona jest groblą.
WMustarahu – estońska wyspa na Morzu Bałtyckim, na obszarze cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju, na północ od wyspy Paljarahu oraz na południowy zachód od wyspy Tauksi.
WNaissaar – szósta co do wielkości wyspa Estonii położona w Zatoce Fińskiej około 10 kilometrów na północ od Tallinna. Administracyjnie należy do gminy Viimsi. 30 czerwca 2009 roku zamieszkiwało ją 7 osób.
WNinalaid – estońska wyspa. Leży na Morzu Bałtyckim u północno-zachodnich wybrzeży wyspy Hiuma. Wysepka razem z sąsiadującymi z nią wysepkami Elmrahu oraz Külalaid leży na terytorium założonego w 2006 roku rezerwatu Paope looduskaitseala.
WNoogimaa – niewielka niezamieszkana wyspa w zachodniej części Estonii. Znajduje się w pobliżu wyspy Sarema. Wyspa jest niezamieszkała, ma 35,81 ha powierzchni i 3,3 km obwodu×10Ellis.
WOsmussaar – estońska wyspa położona w Zatoce Fińskiej, około 7,5 kilometra na północ od przylądka Põõsaspea i portu Dirhami. Administracyjnie należy do Gminy Noarootsi w Prowincji Lääne. Wyspa ma powierzchnię 4,7 km², a długość linii brzegowej wynosi 14 km. Osmussaar nie posiada stałej ludności.
WArchipelag Pakri – archipelag należący do Estonii, składający się z dwóch niewielkich wysp: Suur-Pakri i Väike-Pakri, położonych w Zatoce Fińskiej, ok. 3 km na zachód od miasta Paldiski. Wyspy od średniowiecza do II wojny światowej zamieszkane były przez Estońskich Szwedów przybyłych z płn.-zach. Estonii. Obecnie wyspy nie mają stałej ludności.Suur-Pakri – 11,6 km², położona bardziej na zachódVäike-Pakri – 12,9 km², położona bliżej wybrzeża
WPaljarahu – estońska wyspa na Morzu Bałtyckim, na obszarze cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju, na północny zachód od wyspy Tagarahu oraz na południe od wyspy Mustarahu.
WPrangli – estońska wyspa położona w Zatoce Fińskiej na zachód od wyspy Naissaar. Administracyjnie należy do gminy Viimsi w prowincji Harjumaa. Ma powierzchnię 6,5 km2 i według danych z 30 czerwca 2009 r. zamieszkuje ją 132 mieszkańców.
WRuhnu – niewielka wyspa na morzu Bałtyckim w Zatoce Ryskiej należąca do Estonii. Od łotewskiego wybrzeża dzieli ją zaledwie 37 kilometrów. Administracyjnie znajduje się w Prowincji Saare. Zajmuje powierzchnię 11,9 km² i w roku 2011 liczyła 55 mieszkańców. Na wyspie znajduje się jedna wieś – Ruhnu i wiejska gmina Ruhnu. Z powodu dużego zasolenia wód podziemnych wodę pitną pobiera się z odwiertu o głębokości 787 m.
WRukkirahu – niewielka wyspa należąca do Estonii położona na morzu Bałtyckim, w cieśninie Väinameri około 5 kilometrów na zachód od wsi Rohuküla. Ma powierzchnię 9,1 ha. Administracyjnie należy do gminy Ridala. Na wyspie znajduje się latarnia morska wybudowana w 1940 r.
WSarema dawniej zwana Ozylią – największa wyspa należąca do Estonii, położona na Bałtyku na południe od wejścia do Zatoki Fińskiej, odgradzająca Zatokę Ryską od pełnego morza. Od Hiumy oddzielona jest cieśniną Soela väin, od stałego lądu Cieśniną Irbeńską. Jest największą wyspą Prowincji Saare. Jej powierzchnia wynosi 2673 km², a liczba ludności 39,2 tys. (94,1%).
WSiimurahu – estońska wyspa na Morzu Bałtyckim, na obszarze cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju. Na północny zachód od wyspy położona jest Väike Siimurahu, na wschodzie niewielką zatoką oddzielona jest od półwyspu Sassi.
WSorgu – niewielka wyspa należąca do Estonii położona na morzu Bałtyckim, w zatoce Parnu około 5 kilometrów na południowy wschód od wyspy Manilaid. Ma powierzchnię 5,88 ha, jej linia brzegowa wynosi 2079 m. Administracyjnie należy do wsi Manija w gminie Tõstamaa. Wyspa oraz otaczające ją wody zostały objęte ochroną. W XVI wieku występuje pod nazwą Sorkholm. W 2014 roku utworzono rezerwat przyrody Sorgu looduskaitseala o powierzchni 274 ha. Na wyspie znajduje się latarnia morska wybudowana w 1904 r.
WSuurrahu – estońska wyspa na Morzu Bałtyckim, na obszarze cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju. Na zachód od wyspy położona jest Liialaid, na wschodzie Tauksi, a północnym wschodzie Koharahu.
WTagarahu – estońska wyspa na Morzu Bałtyckim, na obszarze cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju, na północ od wyspy Esirahu oraz na południowy wschód od wyspy Paljarahu. Zajmuje powierzchnię 2,82 ha. Obwód wyspy wynosi ok. 1,1 km. Administracyjnie znajduje się w prowincji Läänemaa, w gminie Ridala. W całości stanowi obszar chroniony.
WTauksi – estońska wyspa na Morzu Bałtyckim, na obszarze cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju. Od północy wyspę oblewają wody zatoki Lõpe. Na wschodzie wąskim pasem wody oddzielona jest od półwyspu Sassi. Na południowy zachód od wyspy położona jest Mustarahu, na południe Väike Siimurahu.
WÜlerahu – estońska wysepka na Morzu Bałtyckim, w zatoce Lõpe, będącej częścią cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju. Na wschód od wyspy położona jest Endurahu, na zachód Tauksi, Koharahu i Suurrahu, na północ Alarahu, a na południe półwysep Sassi.
WUuemererahu – estońska wyspa. Leży na Morzu Bałtyckim u północno-wschodnich wybrzeży wyspy Hiuma na cieśninie Hari Kurk, oddzielającej Hiumę od wyspy Vormsi. Ma powierzchnię około 13 ha. Wysepka sąsiaduje z wyspą Kadakalaid.
WVahase - wyspa w zachodniej części Estonii. Znajduje się na zachód od wyspy Sarema. Leży na Morzu Bałtyckim. Porasta ją las z jałowcami, sosnami i dębami. Ma ona 65,5 ha powierzchni i istnieje od około tysiąca lat.
WVäike Siimurahu – estońska wyspa na Morzu Bałtyckim, na obszarze cieśniny Väinameri, u zachodnich wybrzeży kraju. Na północ od wyspy położona jest Tauksi, na południe Siimurahu, na zachodzie Mustarahu i Paljarahu, na wschodzie wąskim pasem wody oddzielona jest od półwyspu Sassi. Ma regularny, okrągły kształt.
WVaindloo – wyspa w północnej Estonii, na Morzu Bałtyckim, w Zatoce Fińskiej.
WVesitükimaa – wyspa w zachodniej części Estonii. Znajduje się na południe od wyspy Sarema.
WViirelaid – wysepka leżąca w Cieśninie Suur pomiędzy Läänemaa a wyspą Muhu. Administracyjnie należy do gminy Muhu. Wyspa ma powierzchnię ok. 81 ha i maksymalną wysokość ok. 4,5 m.
WVilsandi to estońska wyspa położona około 10 kilometrów na zachód od Saremy. Należy do Gminy Kihelkonna w Prowincji Saare. Ma powierzchnię około 9 km2 i liczy około 20 stałych mieszkańców.
WVohilaid - wyspa w zachodniej części Estonii. Znajduje się na północ od wyspy Hiuma, a w jej pobliżu położona jest wyspa Hõralaid. Ma ona powierzchnię 416 km², a jej najwyższy punkt wznosi się 3 m n.p.m.
WVormsi – wyspa na Morzu Bałtyckim należąca do Estonii o powierzchni 92,9 km². Położona jest 12 km na północny zachód od portu w Rohuküla. Od stałego lądu oddziela ją szeroka na 3 km cieśnina Voosi, a od Hiiumy cieśnina Hari o szerokości 11 km. Populacja wyspy w 2011 roku wynosiła 415 mieszkańców.