
Ambulocet – nazwa ssaka żyjącego podczas wczesnego eocenu, około 49 milionów lat temu. Uważa się, że stanowił on formę posiadającą cechy zarówno ssaków lądowych, jak i współczesnych waleni. Najprawdopodobniej zwierzę to było przodkiem tych morskich ssaków, bądź było blisko spokrewnione ze ssakiem, z którego wyewoluowały. Fakt ten jest na tyle oczywisty dla naukowców, że nadali mu nazwę rodzajową ambulocetus, czyli kroczący waleń. Drugi człon nazwy, specyfikujący gatunek, czyli natans, oznacza "pływający".

Andrewsarchus mongoliensis – gatunek ssaka z kladu Laurasiatheria żyjącego w późnym eocenie na terenie dzisiejszej Mongolii. Pierwsze skamieniałości zwierzęcia odkryto w roku 1923, w czasie ekspedycji sponsorowanej przez Amerykańskie Muzeum Historii Naturalnej i prowadzonej przez Roya Chapmana Andrewsa, na którego cześć nazwano zwierzę. A. mongoliensis został opisany i nazwany w 1924 r. przez Henry'ego Osborna. Znany wyłącznie z kości czaszki mierzącej 834 mm długości i 560 mm szerokości. Osborn obliczył, że jeśli proporcje ciała Andrewsarchus mongoliensis byłyby takie same, jak u Mesonyx obtusidens, to zwierzę to osiągałoby 3,82 m długości od czubka pyska do tylnej części miednicy oraz 1,89 m wysokości w kłębie.

Archaeonycteris – wymarły rodzaj prymitywnego nietoperza, którego skamieniałe szczątki odkryto w kopalni Messel w Niemczech.

Arsinoiterium (†Arsinoitherium) – rodzaj wymarłych ssaków kopytnych.

Bathyopsis – rodzaj ssaka zaliczanego do wymarłego rzędu dinoceratów (Dinocerata). Żył on we wczesnym i środkowym eocenie.

Bazylozaur (Basilosaurus) – rodzaj prawalenia żyjącego w eocenie, od 40 do 34 milionów lat temu.

Brontops - wymarły gatunek ssaka nieparzystokopytnego żyjącego w eocenie.

Brontoterium (Brontotherium) – wymarły ssak z rzędu nieparzystokopytnych, żyjący w późnym eocenie.
Carodnia – wymarły rodzaj ssaka z grupy południowoamerykańskich kopytnych Meridiungulata obejmujący gatunki zamieszkujące tereny obecnej Brazylii, Argentyny i Peru od epoki paleocenu do wczesnego eocenu. Carodnia należy do rzędu Xenungulata, obejmującego też Etayoa i Notoetayoa.

Daouitherium - wymarły gatunek prymitywnych trąbowców żyjący w wczesnym eocenie, około 55 milionów lat temu w północnej Afryce.

Darwinius – rodzaj ssaka naczelnego z rodziny Notharctidae. Żył w środkowym eocenie na terenie dzisiejszej Europy. Jego szczątki zostały wydobyte z datowanych na około 47 milionów lat osadów w kopalni w Messel. Miejscowość ta leży niedaleko Darmstadt w południowej Hesji w Niemczech. Kompletność i jakość zachowania holotypu, przezwanego „Ida”, pozwalają na dokładne zbadanie morfologii i paleobiologii zwierzęcia.

Didolodus − rodzaj wymarłego ssaka prakopytnego, żyjącego we wczesnym eocenie na terenie Patagonii, dawniej uważanego za członka litopternów. Mierzył ok. 60 cm długości, posiadał krótkie kończyny i długi ogon.

Disaccus – rodzaj prymitywnego drapieżnego kopytnego o rozmiarach szakala czy kojota. Zamieszkiwał Azję w środkowym paleocenie, stamtąd się też wywodził, lecz rozprzestrzenił się na takie tereny, jak Europa czy Ameryka Północna. Skamieniałe pozostałości z Europy sugerują, że był palcochodny, jak jego krewni Sinonyx czy Pachyaena. Siostrzanym rodzajem jest dużo większy Ankalagon.

Dorudon jest nazwą prawalenia, żyjącego w środkowym i górnym eocenie. Należał do rodziny Basilosauridae, do której należał współczesny mu, ale dużo od niego większy Basilosaurus. Był on do niego na tyle podobny, że gdy odkryto go po raz pierwszy, myślano, że szkielet należy do młodego basilozaura. Hipotezę tę odrzucono po odkryciu szczątków należących do niewyrośniętych Dorudon.

†Eosimias - rodzaj wymarłych ssaków naczelnych odkrytych w 1999 w Chinach, uważanych za praprzodków małp wąskonosych (Catarrhini). Żyły ok. 45-40 mln lat temu.
Eurohippus – wymarły rodzaj ssaka z rodziny koniowatych.

Eurotamandua – rodzaj wymarłego ssaka łożyskowego z rzędu Afredentata, prawdopodobnie należącego do Afrotheria. Żył we wczesnym eocenie.
Phosphatherium – wymarły gatunek prymitywnych trąbowców, żyjący w paleocenie i eocenie, 56 milionów lat temu w północnej Afryce.

Georgiacetus – rodzaj prawalenia z rodziny Protocetidae. Żył w środkowym eocenie na terenie dzisiejszych Stanów Zjednoczonych. Jedynym gatunkiem zaliczanym do tego rodzaju jest Georgiacetus vogtlensis.

Godinotia – wymarły rodzaj małpiatki z rodziny Adapidae żyjący w eocenie, około 49 milionów lat temu. Jest to jedna z najwcześniejszych znanych małpiatek.

Halitherium – rodzaj wczesnego brzegowca z późnego eocenu i oligocenu. Skamieniałości są częste w europejskich łupkach. W obrębie płetw posiadał nie wystawające kości palców. Zachowały się także pozostałości kończyn tylnych, z zewnątrz niewidoczne. Kość udowa łączyła się ze zredukowną miednicą. Żebra z kolei wydłużyły się, prawdopodobnie miało to związek ze zwiększeniem pojemności płuc, co z kolei pozwalało zwierzęciu na lepszą regulację swej wyporności.
Hapalodectes – rodzaj przypominającego wydrę mezonycha z późnego paleocenu i wczesnego eocenu. Pozostałości odnaleziono w eoceńskich warstwach w Wyoming, ale rodzaj pochodzi z Mongolii, gdzie najstarszy gatunek, H. dux, został znaleziony w późnopaleoceńskiej formacji Naran Bulak. Zasugerowano pokrewieństwo tego rodzaju z prawaleniami z powodu podobieństw w anatomii czaszki i zębów.

†Heptodon – wymarły rodzaj przypominającego tapira roślinożernego ssaka żyjącego w Ameryce Północnej w eocenie, między 55,4-48,6 miliona lat temu. Istniał więc przez około 6,8 miliona lat.

Heterohyus - rodzaj wymarłego ssaka z rodziny Apatemyidae. Żył od wczesnego do późnego eocenu.

Hyaenodon − rodzaj wymarłego ssaka z rzędu kreodontów (Creodonta). Przedstawiciele tego rodzaju zamieszkiwali tereny Europy, Azji i Ameryki Północnej. Hyaenodon pojawił się w środkowym eocenie i wymarł ostatecznie pod koniec oligocenu.

Hyopsodus – rodzaj wymarłego ssaka zaliczany do rzędu prakopytnych.

†Hyrachyus – rodzaj wymarłych ssaków, prawdopodobnie przodków tapirów i nosorożców.Występowanie: Czas: wczesny eocen, Miejsce: Europa.Cechy: brak rogu i pięciopalcowe odnóża.Wysokość w kłębie: 1,20 m.

Hyracodon – wymarły rodzaj ssaków z rzędu nieparzystokopytnych.

Hyracotherium – rodzaj jednego z najstarszych nieparzystokopytnych z rodziny Palaeotheriidae, daleki przodek konia.

Icaronycteris - wymarły rodzaj nietoperza.Pożywienie:owady. Długość:19 centymetrów z ogonem. Rozpiętość skrzydeł:22-24 cm. Epoka: Eocen. 51 milionów lat temu

Indohyus – rodzaj ssaka z rzędu parzystokopytnych (Artiodactyla) żyjącego w środkowym eocenie, około 48 mln lat temu, na terenie dzisiejszej Azji. Jego nazwa oznacza „indyjska świnia”.
Kopidodon – rodzaj wymarłego ssaka. Żył we wczesnym eocenie.

Kutchicetus jest nazwą rodzajową żyjącego we wczesnym eocenie prawalenia. Do tej pory odkryto i opisano jedynie jeden gatunek tego zwierzęcia, Kutchicetus minimus, którego szczątki odkryto we zachodnioindyjskim stanie Gudżarat.
Leptictidium – rodzaj owadożernego ssaka żyjącego w eocenie na terenie dzisiejszych Niemiec.
Lophiodon – rodzaj wymarłego ssaka zaliczanego do rzędu nieparzystokopytnych. Jest to krewny dzisiejszych tapirów. Jego tapirzą szczękę znaleziono we Francji. Liczy sobie ona 50 milionów lat.
Machaeroides – rodzaj wymarłego mięsożernego ssaka z rzędu pradrapieżnych. Żył w eocenie na terenie współczesnych Stanów Zjednoczonych, pozostałości znaleziono w Wyoming. Jest to najwcześniej występujący znany ssak o szablowatych zębach.

Maiacetus – rodzaj wczesnego walenia ze środkowego eocenu, żyjącego około 47,5 mln lat temu na terenach dzisiejszego Pakistanu. Wyróżnia się w nim jeden gatunek: M. inuus opisany w roku 2009 na podstawie skamieniałości dwóch osobników, zinterpretowanych jako ciężarna samica i płód. Byłby to pierwszy opis szkieletu płodu u prawalenia. Główkowe położenie młodego wskazuje na odbywanie się porodu na lądzie. Thewissen i McLellan (2009) nie zgodzili się jednak z taką interpretacją; stwierdzili, że położenie mniejszego szkieletu wewnątrz większego oraz brak kręgów ogonowych wskazuje raczej, że mniejsze zwierzę zostało pożarte przez dorosłego Maiacetus albo płód uległ przemieszczeniu.

Meniscotherium – wymarły ssak wielkości psa. Był posiadającym kopyta roślinożercą. Posiadał zęby policzkowe selenodontyczne.

†Mesohippus – rodzaj wymarłych ssaków z rodziny koniowatych, jeden z przodków współczesnych koniowatych. Żył na przełomie eocenu i oligocenu w Ameryce Północnej. W odróżnieniu od swego przodka Hyracotherium wszystkie kończyny miał zakończone 3 palcami. Posiadał również twardsze uzębienie, co umożliwiało mu żywienie się, poza liśćmi, również mniejszymi gałęziami i korzonkami. Miał wielkość współczesnego wilka – ok. 60 cm wysokości w kłębie.

Metamynodon – rodzaj wymarłego ssaka z rodziny Amynodontidae zaliczanej do rzędu nieparzystokopytnych. Był najdłużej żyjącym przedstawicielem swej grupy. Pojawił się bowiem w późnym eocenie, a wymarł we wczesnym miocenie, kiedy to wyparł go ziemnowodny nosorożec Teleoceras. Skamieniałości znajdowane były w USA, Mongolii i Chinach.

Miacis – rodzaj ssaków z rzędu drapieżnych (Carnivora) i rodziny Miacidae. Żył od wczesnego do późnego eocenu na terenie Ameryki Północnej i Europy. Według Gingericha (1983) z Miacis zsynonimizowany powinien zostać Xinuictis tenius Zheng et al., 1975 – co wpłynęłoby na zwiększenie zasięgu występowania rodzaju o Chiny – jednak Heinrich, Strait i Houde (2008) uznają Xinuictis za odrębny rodzaj. Według Heinricha i współpracowników, a także Gingericha, Miacis jest bazalnym przedstawicielem Miacidae, niemającym cech charakterystycznych dla bardziej zaawansowanych ewolucyjnie członków tej rodziny. Stwierdzają także, podobnie jak Gingerich, iż Miacis jest prawdopodobnie rodzajem parafiletycznym.

Moeritheriidae – jedne z najprymitywniejszych i najstarszych znanych trąbowców. Pierwsze skamieniałości Moeritherium odkrył Charles Andrews w 1901 r. w sławnej niecce El Fayoum w Egipcie w osadach późnoeoceńskich około 37-35 milionów lat temu. Nazwa tego rodzaju oznacza "zwierzę z jeziora Moeris".

Onychonycteris finneyi – wymarły, jeden z najbardziej prymitywnych z dotychczas poznanych, gatunków nietoperzy, którego skamieniałe, dobrze zachowane szczątki odkryła Bonnie Finney w 2003 r. w południowo-zachodniej części stanu Wyoming w USA. Gatunek został nazwany i opisany przez Nancy B. Simmons. Uważa się, że Onychonycteris finneyi stanowi brakujące pośrednie ogniwo ewolucyjne pomiędzy współczesnymi nietoperzami, a ich nielotnymi praprzodkami. Odkryty przodek nietoperzy żył 52,5 mln. lat temu, w okresie wczesnego eocenu. Datę określono na podstawie analizy wieku warstw skalnych, w których spoczywał. Odkrycie Onychonycteris finneyi pozwoliło ustalić, że nietoperze zaczęły latać zanim wykształciły się u nich narządy i zdolność do echolokacji. Analiza szczątków wykazała, że w jego czaszce brak jest struktur wokół uszu umożliwiających echolokację. Wskazuje to, że w poszukiwaniu pożywienia Onychonycteris finneyi posługiwał się zmysłem wzroku i/lub powonienia. Rozwinięta klatka piersiowa dowodzi, że zwierzę latało, ale budowa jego skrzydeł wskazuje, że nie był on zbyt szybkim lotnikiem.

Oxyaena – wymarły rodzaj ssaków pradrapieżnych zwanych także kreodontami (Creodonta).
Pachyaena – rodzaj silnie zbudowanego ssaka z wymarłego rzędu Mesonychia. Posiadał proporcjonalnie krótkie łapy. Pochodził z Azji, jego gatunki rozprzestrzeniły się też po Ameryce Północnej i Europie. Żył w paleocenie i wczesnym eocenie.

Pakicetus – rodzaj prawalenia z rodziny Pakicetidae. Został nazwany w 1981 roku przez Philipa Gingericha i Donalda Russella. Gingerich i Russell do rodzaju Pakicetus zaliczyli nazwany przez nich w 1981 roku P. inachus, będący gatunkiem typowym, oraz P. attocki, opisany w 1980 roku przez Westa jako należący do rodzaju Protocetus. Sam rodzaj Pakicetus Gingerich i Russell zaklasyfikowali do rodziny Protocetidae i opisali jako niewielkiego walenia charakteryzującego się niezwykle wysokimi grzebieniami strzałkowym i karkowym oraz małą puszką mózgową. Holotypem gatunku typowego jest tylna część czaszki odkryta w datowanych na wczesny lub środkowy eocen osadów formacji Kuldana w Pakistanie. Pakicetus miał grubą pustą w środku kość w tylno-dolnej części czaszki, otaczającą ucho środkowe i ucho wewnętrzne, charakterystyczną dla wszystkich waleni, jednak wykazywał tylko niektóre spośród przystosowań do słyszenia pod wodą występujących u przedstawicieli tej grupy. Budowa czaszki sugeruje jednak, że przedstawiciele Pakicetidae prowadzili lądowy tryb życia, a ich szkielet wykazywał przystosowania do biegania. Niektóre spośród ich zmysłów występują również u zwierząt wodnych, jednak nie muszą oznaczać wodnego trybu życia. Hans Thewissen i współpracownicy w 2001 roku zasugerowali, że Pakicetidae były wodno-lądowe w nie większym stopniu niż tapiry.

†Palaeotherium – rodzaj wymarłego ssaka z rodziny Palaeotheriidae.

Patriofelis − wymarły rodzaj ssaków pradrapieżnych zwanych także kreodontami (Creodonta).

Pezosiren − rodzaj wczesnego brzegowca. Szkielet znaleziono na Jamajce. Zwierzę żyło 50 milionów lat temu. Prawdopodobnie wiodło ziemno-wodny tryb życia, podobnie jak dzisiejszy hipopotam nilowy.

†Propaleoterium (Propalaeotherium) – wymarły rodzaj ssaków z rodziny Palaeotheriidae.

Prorastomus – rodzaj wczesnego brzegowca z rodziny Prorastomidae. Żył w środkowym eocenie na terenie dzisiejszej Jamajki. Jest najwcześniejszym i najbardziej bazalnym znanym przedstawicielem całego rzędu, wykazuje jednak pewne cechy wyspecjalizowane odróżniające go od innych syren. Osiągał rozmiary zbliżone do współczesnej świni domowej. Miał dobrze rozwinięte cztery kończyny. Był zwierzęciem ziemnowodnym, jednak większość czasu spędzał prawdopodobnie w wodzie. Zasiedlał nadmorskie rzeki i zatoki. Przypuszczalnie żywił się głównie roślinami unoszącymi się na wodzie i wynurzającymi się znad tafli oraz, w mniejszym stopniu, brunatnicami. Wzór zębowy wynosił 3153, podobnie jak u innych eoceńskich syren. Gatunek typowy rodzaju, Prorastomus sirenoides, został opisany w 1855 przez Richarda Owena.

Protocetus – rodzaj niewielkiego prymitywnego walenia z rodziny Protocetidae. Żył w środkowym eocenie na terenie dzisiejszego Egiptu. Opisano trzy gatunki należące do tego rodzaju, jednak dwa spośród nich zostały włączone do osobnego rodzaju prawaleni z rodziny Remingtonocetidae – jedynym gatunkiem zaliczanym do rodzaju Protocetus pozostał Protocetus atavus.

Rodhocetus – rodzaj wymarłego prawalenia żyjącego 47 milionów lat temu na terenie obecnego Pakistanu.

†Sarkastodon jest nazwą rodzajową olbrzymiego drapieżnego ssaka, żyjącego w późnym eocenie na terenie dzisiejszej Mongolii. Był członkiem całkowicie dziś wymarłego rzędu kreodontów. Sarkastodon był zwierzęciem przypominającym z wyglądu dzisiejsze niedźwiedzie, ale był od nich znacznie większy. Posiadał duży, podobny do szopiego, ogon. Prawdopodobne, że polował na takie duże zwierzęta, jak na przykład brontoterium.

†Trigonias – rodzaj wymarłego nosorożca. Występował w późnym eocenie około 35 milionów lat temu. Znany z licznych stanowisk w USA i jednego w południowej Kanadzie. Mierzył do 2,5 metra długości. Mimo że nie posiadał rogów, wyglądem przypominał współczesne nosorożce, różniąc się od nich m.in. obecnością czterech funkcjonalnych palców u kończyn przednich, a nie trzech, jak to jest u współczesnych nosorożców.

Trigonostylops − rodzaj wymarłego ssaka z rzędu astrapoteriów, z rodziny Trigonostylopidea, zamieszkującego tereny Argentyny w późnym paleocenie i wczesnym eocenie. Trigonostylops mierzył ok. 1,5 m długości.

Tritemnodon – wymarły rodzaj ssaków pradrapieżnych zwanych także kreodontami (Creodonta). Żył 54-38 milionów lat temu (eocen). Skamieniałości znaleziono w formacji Willwood w Big Horn County i w Lower Bridger Formation w Uinta County w Wyoming. Osiągał rozmiary dzisiejszego wilka.
†Trogosus − wymarły rodzaj ssaka.

†Uintatherium – rodzaj dużego ssaka z wymarłej grupy Dinocerata, żyjącego w środkowym eocenie na terenie Ameryki Północnej.