
Bangka – wyspa w Indonezji w prowincji Wyspy Bangka i Belitung.
Batanta – wyspa w Indonezji na Oceanie Spokojnym w grupie wysp Raja Ampat; powierzchnia 455,9 km², długość linii brzegowej 226,6 km.

Bawean — wyspa na morzu Jawajskim w Indonezji około 160 km na północ od Surabai; powierzchnia 199.8 km², długość linii brzegowej 63.2 km; 66 tys. mieszkańców.

Belitung – wyspa w Indonezji w prowincji Wyspy Bangka i Belitung.

Biak – wyspa w Indonezji u wybrzeży Nowej Gwinei na Oceanie Spokojnym; największa w grupie wysp Schoutena; należy do prowincji Papua.
Bintan – indonezyjska wyspa w archipelagu Riau. Stolicą wyspy jest Tanjung Pinang.

Buton, także Butung – wyspa w Indonezji na morzu Banda u południowo-wschodniego wybrzeża Celebes; powierzchnia 4200 km², ok. 500 tys. mieszkańców.

Celebes, Sulawesi – indonezyjska wyspa na Oceanie Spokojnym wchodząca w skład Archipelagu Malajskiego i Wielkich Wysp Sundajskich. Z powierzchnią równą 174 600 km² znajduje się na 11. miejscu listy największych wysp świata.

Enggano – wyspa w Indonezji na Oceanie Indyjskim w prowincji Bengkulu.

Gag – wyspa w Indonezji w prowincji Papua Zachodnia, w kabupatenie Raja Ampat.

Jawa – wyspa w Azji Południowo-Wschodniej, jedna z Wielkich Wysp Sundajskich. Należy do Indonezji, a największe miasto wyspy, Dżakarta, jest stolicą tego kraju. Wyspę zamieszkuje 130 mln osób. Na obszarach nizinnych Jawy Centralnej na jeden km² przypada 2000 osób. Powierzchnia Jawy to 126,7 tys. km², co daje jej trzynaste miejsce wśród wysp na świecie i piąte w Indonezji.

Kabaena - wyspa w Indonezji na morzu Banda u południowo-wschodniego wybrzeża Celebes; powierzchnia 875 km², ok. 40 tys. mieszkańców.

Kaburuang – wyspa w Indonezji na Oceanie Spokojnym w grupie wysp Talaud; powierzchnia 93 km².

Karakelong – wyspa w Indonezji na Oceanie Spokojnym, największa z wysp Talaud; powierzchnia 845,6 km²; długość linii brzegowej 182,7 km.
Kobroör – wyspa we wschodniej Indonezji, druga co do wielkości w archipelagu wysp Aru z powierzchnią 1723,4 km². Długość wybrzeża wynosi 229,8 km, a maksymalna wysokość to 124 m n.p.m. Jest środkową wyspą z 3 głównych archipelagu.

Krakatau, nazywana też Krakatoa lub Krakatao – wyspa wulkaniczna, znajdująca się w Cieśninie Sundajskiej, pomiędzy wyspami Sumatra i Jawa w Indonezji.

Laut – wyspa na cieśninie Makasarskiej w Indonezji u południowo-wschodniego wybrzeża Borneo; powierzchnia 2062 km², ok. 80 tys. mieszkańców.
Lembeh – wyspa przy północno-wschodnim krańcu wyspy Celebes w Indonezji, naprzeciwko dużego portowego miasta Bitung. Cieśnina pomiędzy wyspą a wyspą Celebes również nosi nazwę Lembeh, jest ona popularnym miejscem do nurkowania.

Madura – wyspa w Indonezji na Morzu Jawajskim przy północno-wschodnim wybrzeżu Jawy; oddzielona od niej na zachodzie cieśniną Surabaja a na południu cieśniną Madura, nad którą znajduje się most drogowy Suramadu. Powierzchnia 4250 km²; długość linii brzegowej 467,8 km; około 4 milionów mieszkańców.
Misool – jedna z wysp Indonezji na morzu Seram w grupie wysp Raja Ampat; powierzchnia 2033.6 km², długość linii brzegowej 269.5 km; ok. 6 tys. mieszkańców.

Muna – wyspa w Indonezji na morzu Banda u południowo-wschodniego wybrzeża Celebes; powierzchnia 1704 km², ok. 300 tys. mieszkańców.

Natuna Besar – indonezyjska wyspa, największa w archipelagu Wysp Natuna, położona w Prowincji Wyspy Riau. Powierzchnia wyspy wynosi 1720 km².

Nias – wyspa położona u zachodnich wybrzeży Sumatry, należąca do Indonezji. Wchodzi w skład łańcucha wysp ciągnącego się wzdłuż wybrzeży Sumatry, od wyspy Simeulue na północy po Enggano na południu. Od Sumatry oddziela je Cieśnina Mentawai. Łańcuch ten wyłania się ponownie dalej na wschód w postaci górzystych wysp Sumba i Timor. Stanowią one łuk wyspowy towarzyszący strefie subdukcji Rowu Sundajskiego. W tym miejscu płyta indoaustralijska zanurza się pod płytę eurazjatycką z bardzo dużą prędkością ok. 5,2 cm rocznie.

Nowa Gwinea – wyspa w zachodniej części Oceanu Spokojnego, w Melanezji; pod względem wielkości druga wyspa świata. Od zachodu przylega do niej Archipelag Malajski, od wschodu – Archipelag Bismarcka i Wyspy Salomona, a od południa – Australia oddzielona od niej Cieśniną Torresa. Wnętrze wyspy zajmują pokryte nielicznymi lodowcami, wznoszące się na blisko 5000 m Góry Centralne.

Numfoor (Numfor) – wyspa w Indonezji u wybrzeży Nowej Gwinei na Oceanie Spokojnym; leży w zachodniej części wejścia do zatoki Cenderawasih w grupie wysp Schoutena; administracyjnie należy do prowincji Papua; powierzchnia 335,1 km²; długość linii brzegowej 95,5 km; ok. 7 tys. mieszkańców.

Nusa Kambangan, także: Nusakambangan, Kambangan – wyspa w Indonezji, powierzchnia 113,1 km². Na jej terenie znajduje się więzienie o maksymalnym rygorze. Przebywają tam więźniowie skazani za najcięższe przestępstwa, przy czym większość z nich to osadzeni z wyrokiem śmierci. Bywa nazywana „wyspą egzekucji” oraz „indonezyjskim Alcatraz”.

Peleng – wyspa w Indonezji na Morzu Moluckim; największa w grupie wysp Banggai; powierzchnia 2345,6 km², długość linii brzegowej 407,9 km; ok. 40 tys. mieszkańców.

Południowa Pagai – wyspa w Indonezji na Oceanie Indyjskim w archipelagu Mentawai. Na północy oddzielona wąską cieśniną od Północnej Pagai.

Północna Pagai – wyspa w Indonezji na Oceanie Indyjskim w archipelagu Mentawai. Na północy cieśnina Sipura oddziela ją od Sipury, na południu wąska cieśnina od Południowej Pagai.

Rantau – wyspa na północno-wschodnim wybrzeżu prowincji Riau w Indonezji, w Cieśninie Malakka. Znajduje się bezpośrednio na wschód od wyspy Padang i bezpośrednio na południe od wyspy Rangsang. Powierzchnia wynosi 1597 km2.
Salawati – wyspa w Indonezji na Oceanie Spokojnym w grupie wysp Raja Ampat; powierzchnia 1622,9 km², długość linii brzegowej 200,2 km; ok. 9 tys. mieszkańców.

Salibabu – wyspa w Indonezji na Oceanie Spokojnym w grupie wysp Talaud; powierzchnia 155 km².

Samosir – wyspa w Indonezji na jeziorze Toba na Sumatrze. Ma powierzchnię 630 km2 i jest największą wyspą położoną na jeziorze na innej wyspie. Do 1905 roku zamieszkiwali ją kanibale.

Sapudi – wyspa na Morzu Balijskim w Indonezji, na wschód od Madury; powierzchnia 138,8 km², długość linii brzegowej 47,8 km.

Sebatik – wyspa w Azji Południowo-Wschodniej, położona na wschód od Borneo. Przez wyspę przebiega granica indonezyjsko-malezyjska.

Siberut – wyspa w Indonezji na Oceanie Indyjskim w prowincji Sumatra Zachodnia; największa z wysp Mentawai. Na północy cieśnina Siberut oddziela ją od wysp Batu, na południu cieśnina Bungalaut od Sipury.

Simeulue – wyspa w Indonezji na Oceanie Indyjskim w okręgu specjalnym Aceh.

Sipura – wyspa w Indonezji na Oceanie Indyjskim w archipelagu Mentawai. Na północy cieśnina Bungalaut oddziela ją od wyspy Siberut, na południu cieśnina Sipura od Północnej Pagai.

Sumatra – wyspa w Azji Południowo-Wschodniej, w Archipelagu Malajskim, w grupie Wielkich Wysp Sundajskich; w całości należy do Indonezji. Na północnym wschodzie Cieśnina Malakka oddziela Sumatrę od Półwyspu Malajskiego; na południowym wschodzie Cieśnina Sundajska oddziela ją od Jawy.

Supiori (Supitori) – wyspa w Indonezji u wybrzeży Nowej Gwinei na Oceanie Spokojnym; leży u wejścia do zatoki Cenderawasih w grupie wysp Schoutena, na zachód od wyspy Biak, z którą się niemal styka; administracyjnie należy do prowincji Papua; powierzchnia 659,0 km²; długość linii brzegowej 172,5 km.

Tarakan – wyspa w Indonezji na morzu Celebes w prowincji Borneo Wschodnie; leży przy wschodnim wybrzeżu Borneo w pobliżu ujść rzek Kayan i Sesayap.

Timor – wyspa w archipelagu Małych Wysp Sundajskich, w południowo-wschodniej Azji. Część zachodnia wyspy należy do Indonezji, natomiast część wschodnia stanowi niepodległe państwo – Timor Wschodni. Na zachód od Timoru leżą wyspy Sumba i Flores, na północny zachód Celebes, a w kierunku południowym znajduje się Australia.Powierzchnia: 30,8 tys. km²
Trangan – wyspa we wschodniej Indonezji, największa w archipelagu Wysp Aru na Morzu Arafura. Znajduje się w prowincji Moluki. Ma powierzchnię 2148,5 km². Długość wybrzeża to 403,1 km, a maksymalna wysokość to 91 m n.p.m. Leży najdalej na południe z 3 głównych wysp archipelagu.

Waigeo – wyspa w Indonezji na Oceanie Spokojnym; największa z wysp Raja Ampat; powierzchnia 3153,7 km², długość linii brzegowej 691,5 km; ok. 10 tys. mieszkańców.

Wakatobi – archipelag położony na Morzu Flores, na południowy wschód od wyspy Sulawesi w Indonezji. Archipelag tworzą cztery duże wyspy i kilka małych. Nazwę Wakatobi utworzono z pierwszych dwóch liter nazw czterech większych wysp. Wyspy wchodzą w skład Parku Narodowego Wakatobi.

Weh – wyspa w Indonezji na Morzu Andamańskim w okręgu specjalnym Aceh; najbardziej na północ wysunięta część Indonezji.
Wokam – wyspa we wschodniej Indonezji, trzecia co do wielkości w archipelagu wysp Aru z powierzchnią 1604 km². Długość wybrzeża wynosi 322,5 km, a maksymalna wysokość to 237 m n.p.m. Jest jedną z najbardziej na północ wysuniętych wysp archipelagu. Leży ok. 150 km na południe od Nowej Gwinei.

Wowoni – wyspa w Indonezji na morzu Banda u południowo-wschodniego wybrzeża Celebesu; powierzchnia 714,8 km², długość linii brzegowej 108 km.
Yapen – wyspa w Indonezji u wybrzeży Nowej Gwinei na Oceanie Spokojnym, zamyka wschodnią część zatoki Cenderawasih; administracyjnie należy do prowincji Papua.

Yos Sudarso – wyspa na Morzu Arafura u południowych wybrzeży Nowej Gwinei, od której oddzielona jest tylko wąskimi cieśninami. Administracyjnie należy do indonezyjskiej prowincji Papua. Wyspa ma około 165 km długości i zajmuje obszar 11,7 tys. km².