
Ainoshima – japońska wyspa na morzu Genkai, u północnych wybrzeży wyspy Kiusiu, w granicach administracyjnych miasta Shingū, w prefekturze Fukuoka.

Amakusa – grupa ok. 100 wysp i wysepek japońskich na Morzu Wschodniochińskim, u zachodnich wybrzeży wyspy Kiusiu. Administracyjnie należą do prefektury Kumamoto.

Wyspa Awaji – wyspa położona w prefekturze Hyōgo w Japonii, we wschodniej części Wewnętrznego Morza Seto, pomiędzy wyspami Honsiu i Sikoku.

Chichi-jima – największa wyspa grupy wysp Chichijima-rettō w archipelagu Ogasawara. Do grupy należy jeszcze między innymi wyspa Ani-jima i Otōto-jima.

Cuszima – grupa wysp położona pośrodku Cieśniny Koreańskiej, o współrzędnych 34°00'N i 129°00'E. Należy do japońskiej prefektury Nagasaki. W przeszłości była wyodrębniona jako prefektura Tsushima. W marcu 2004 roku wszystkie sześć miast położonych na Cuszimie zostało połączonych administracyjnie i utworzyło miasto Cuszima, obejmujące całą powierzchnię archipelagu.

Daitō-shotō – grupa wysp koralowych, usytuowana na Morzu Filipińskim na południowy wschód od Okinawy. Administracyjnie przynależą do japońskiej prefektury Okinawa. W skład archipelagu wchodzą większe wyspy: Minami Daitō-jima i Kita Daitō-jima oraz oddalona od nich mniejsza wyspa Oki Daitō-jima. Dwie większe wyspy archipelagu są zamieszkane.

Dejima – sztuczna wyspa w zatoce Nagasaki, która była holenderską faktorią w latach 1641–1857 w okresie samoizolacji Japonii (sakoku) w okresie Edo (1603–1867).

Dokdo – grupa wysp na Morzu Japońskim składająca się z ok. 90 wysepek i raf, z których największe wyspy to Seodo i Dongdo. Wszystkie wysepki i rafy zajmują łączną powierzchnię 18,745 ha – a najwyższy ich wierzchołek wznosi się na 169 m n.p.m. Wyspy administracyjnie należą do południowokoreańskiej prowincji Gyeongsangbuk-do i znajdują się 87 km od wybrzeży Półwyspu Koreańskiego. Wyspy mają tylko 1 stałą mieszkankę, lecz dzięki stałemu połączeniu promowemu odwiedza je około 2 tys. turystów rocznie.

Esanbe Hanakita Kojima – nieistniejąca już wyspa położona na północ od Sarufutsu. Na dzień dzisiejszy nie wiadomo kiedy i w jaki sposób zniknęła.

Gotō – grupa japońskich wysp o powierzchni 689 km² na Morzu Wschodniochińskim u zachodnich wybrzeży wyspy Kiusiu. Wyspy mają dobrze rozwiniętą linię brzegową, ich wnętrze ma charakter górzysto-pagórkowaty. Najwyższą wysokość 460 m n.p.m. ma Tete-ga-take na wyspie Fukue.

Haha-jima – największa wyspa grupy wysp Hahajima-rettō (母島列島) w archipelagu Ogasawara. Do grupy należy jeszcze między innymi wyspa Ane-jima i Imōto-jima.

Hokkaido – druga pod względem wielkości wyspa Japonii. Od Honsiu oddziela ją cieśnina Tsugaru, ale obie wyspy są połączone podwodnym tunelem Seikan. Największym miastem i zarazem stolicą tego dystryktu jest Sapporo.

Honsiu – największa, a tym samym główna wyspa Japonii. Na północy cieśnina Tsugaru oddziela ją od Hokkaido, na południu Morze Wewnętrzne od Sikoku, a na południowym zachodzie po drugiej stronie cieśniny Shimonoseki leży wyspa Kiusiu. Honsiu jest siódmą co do wielkości wyspą na świecie, znajduje się na niej stolica państwa.

Iki − wyspa w Cieśninie Cuszimskiej, w Japonii, około 16 km na północ od wybrzeży Kiusiu. Zajmuje powierzchnię 134 km2.

Itsukushima potocznie znana jako Miyajima – wyspa znajdująca się na Wewnętrznym Morzu Japońskim, na zachód od Hiroszimy. Dopływają tu promy i statki wycieczkowe z Hiroszimy do Miyajimaguchi. Następnie statkiem można dostać się na wyspę, na której znajduje się chram Itsukushima. Widok na wyspę i bramę torii należy do jednego ze słynnych „japońskich trzech pejzaży”.

Iwo Jima – należąca do Japonii wyspa w niewielkim archipelagu wysp Kazan na Oceanie Spokojnym, ok. 650 mil morskich na południe od Honsiu. Pod koniec II wojny światowej Iwo Jima była terenem ciężkich walk toczonych podczas zdobywania wyspy przez Amerykanów. W środku wyspy znajduje się baza sił powietrznych Central Field.

Kiusiu – trzecia pod względem powierzchni wyspa Japonii, położona na południowy zachód od największej wyspy Honsiu.

Odaiba – duża, sztuczna wyspa w Zatoce Tokijskiej w Japonii, połączona mostem Rainbow Bridge z centrum Tokio.

Wyspy Ogasawara – należący do Japonii archipelag wulkanicznych wysp, leżących około 1000 km na południe od Tokio. Stanowią barierę oddzielającą Morze Filipińskie od Pacyfiku.

Okushiri – japońska wyspa leżąca na zachód od Hokkaido na Morzu Japońskim. Jej powierzchnia wynosi 145 km², populacja 3708.
Sikoku – najmniejsza i najsłabiej zaludniona z czterech głównych wysp Japonii, położona w południowo-zachodniej części Wysp Japońskich, między Morzem Wewnętrznym a Oceanem Spokojnym.

Wyspy Izu – należący do Japonii archipelag wulkanicznych wysp, ciągnących się na południe od półwyspu Izu. Razem z położonymi dalej na południe wyspami Ogasawara oraz Marianami stanowią one naturalną barierę oddzielającą Morze Filipińskie od Oceanu Spokojnego.

Wyspy Japońskie – archipelag wysp w zachodniej części Oceanu Spokojnego, rozciągający się wzdłuż wschodniego wybrzeża Azji, tworzący łuk długości 2990 km. Wyspy Japońskie wchodzą w skład państwa Japonii, do której należą też inne archipelagi, m.in. Riukiu (Nansei-shotō) i Ogasawara.

Wyspy Kazan , także nazwa Wyspy Iō – należący do Japonii archipelag wulkanicznych wysp, leżących około 1000 km na południe od Tokio, pomiędzy wyspami Ogasawara a Marianami Północnymi. Są także zaliczane do archipelagów Ogasawara (Ogasawara-shotō) i Nanpō-shotō.

Wyspy Nanpō – zbiorcza nazwa łańcucha wysp, rozciągającego się południkowo ok. 1500 km na południe od czterech głównych Wysp Japońskich, a dokładnie od półwyspu Izu i zatoki Sagami w głąb Pacyfiku, aż do Marianów Północnych. Administracyjnie wchodzą one w skład prefektury Tokio.

Wyspy Oki – archipelag składający się z kilkudziesięciu wysp, wysepek i skał, należący do Japonii, znajdujący się w południowo–zachodniej części Morza Japońskiego, ok. 60 km na północ od półwyspu Shimane na Honsiu. Wyspy należą administracyjnie do prefektury Shimane.

Wyspy Senkaku – grupa niewielkich, bezludnych wysepek, usytuowana na Morzu Wschodniochińskim, ok. 170 km na wschód od Tajwanu i 160 km na północ od wysp Yaeyama. Łączna powierzchnia wysp wynosi ok. 7 km².