WBarwienie hematoksyliną i eozyną, barwienie przeglądowe, zwyczajowo barwienie zwykłe – najpopularniejsza metoda barwienia preparatów histologicznych, rutynowo stosowana w pracowniach histologicznych i histopatologicznych.
WMetoda Grama – metoda barwienia bakterii. Pozwala doświadczalnie zróżnicować te organizmy na dwie duże grupy ze względu na różnice w budowie ściany komórkowej oraz, co za tym idzie, także pewne różnice w fizjologii i podatności na leki.
WBarwienie metodą Ziehla-Neelsena – w bakteriologii rodzaj techniki diagnostycznej służącej do barwienia prątków.
WImmunohistochemia – jest to metoda wykrywania rozmaitych substancji antygenowych w skrawkach mikroskopowych, stosowana w histopatologii i histologii. Polega na zastosowaniu przeciwciała skierowanego przeciwko poszukiwanym składnikom preparatu a następnie systemu detekcji, tworzącego barwną, nierozpuszczalną substancję, widoczną w mikroskopie. Do związków chemicznych stosowanych do lokalizacji stosowanych w tej metodzie przeciwciał należą:fluorochromy metale enzymy
WMetoda Golgiego – metoda barwienia preparatów neurohistologicznych, opracowana przez Camillo Golgiego w 1873 roku. Sam Golgi nazwał ją reakcją czarną.
WMetoda Klüvera-Barrery – metoda barwienia osłonek mielinowych i innych komórek glejowych, stosowana np. w czasie histologicznych badań neuropatologicznych i neuroanatomicznych. Podczas barwienia tkanek używa się barwnika Luxol Fast Blue i fioletu krezylowego; wybarwiają one, odpowiednio, mielinę i ciałka Nissla.
WBarwienie metodą Schaeffer-Fultona – metoda polegająca na identyfikacji bakterii zaliczanych do grupy Bacillus i Clostridium, a przede wszystkim przetrwalników tych bakterii, ich kształtu i rozmieszczenia.
WTrichrom Gomoriego – metoda barwienia tkanki łącznej, znajdująca zastosowanie m.in. w ocenie patologii mięśni. W metodzie tej stosuje się hematoksylinę i roztwór zawierający chromotrop 2R i jasnozielony barwnik lub błękit anilinowy.